Nach dem Türkenkrieg von 1683 wurde zum Dank für den Sieg in der Kirche von Haidershofen der jetzige barocke Hochaltar mit der Statue "Maria vom Siege" errichtet. Die Glocken der Pfarrkirche Haidershofen wurden bereits 1590 in Steyr gegossen.

Um 1740 wurde der schöne barocke Pfarrhof als Sommerresidenz der Gleinker Äbte errichtet.

Nach der Aufhebung des Klosters Gleink 1784 kam Haidershofen durch einen Irrtum der Landesverwaltung zur Diözese Linz und im nächsten Jahr dann zur Diözese St. Pölten. 1740 kam es bei Haidershofen zu Kämpfen mit den eindringenden Bayern und Franzosen. Die Franzosen hatten sich am jenseitigen Ennsufer festgesetzt und beschossen von dort aus Haidershofen.

Als Mahnmal steckt noch heute eine eiserne Kanonenkugel in der nordöstlichen Kirchenmauer. Der österreichische Feldherr Fürst von Khevenhüller startete von Brunnhof aus eine Offensive über die Enns, die auch glückte. Nach dem Rückzug der Franzosen überquerte der Großteil der Armee Khevenhüller bei Hainbuch die Enns. Zur Erinnerung an die geglückte Ennsüberquerung wurde die Kapelle vor dem Schloss Dorf an der Enns errichtet.

Im Winter 1802/1803 war Haidershofen wieder Kriegsgebiet. Die Bevölkerung von Haidershofen hatte wieder viel Leid mit durchziehenden französischen Truppen zu erdulden.