1125 wird der Name Haderichshofen erstmals urkundlich genannt. 1273 kommt die Pfarre Haidershofen in den Besitz des Klosters Gleink. Bis zur Aufhebung des Klosters im Jahre 1784 durch Kaiser Josef II. bleibt Haidershofen bei Gleink. Um 1400 wurde mit dem Bau der heutigen Pfarrkirche begonnen, wobei der ältere Turm und eine Kapelle miteinbezogen wurden. 1442 wurden die Altäre der Pfarrkirche sowie die Filialkirche Maria Burg, die inmitten einer vorgeschichtlichen Anlage errichtet wurde, eingeweiht. 1485 eroberten die Ungarn das Land bis an die Enns. 1529 und 1532 drangen die Türken auch bis zur Enns vor. 1570 wurde Pfarrer Abraham von Haidershofen Abt des Klosters Gleink. Er wurde allerdings schon nach 4 Jahren als Anhänger der Lehre Luthers abgesetzt. Als 1606 der katholische Pfarrer einer Protestantin die Beisetzung in der Familiengruft in der Pfarrkirche verweigerte, ließ ihm Polykarp Flußhardt von Pottendorf, Herr auf der "Veste Thal", gewaltsam die Schlüssel aus dem Pfarrhof wegnehmen.

1615 baute der protestantische Wolf Wilhelm Panischer von Volkenstorf im Schloss Dorf an der Enns einen Pferdestall zu einer Kapelle um. Zu diesen protestantischen Gottesdiensten kamen sogar Bürger aus Steyr, als dort diese Lehre verboten wurde.

1596 schlossen sich Haidershofner Bauern zu einem Aufstand gegen ihre Grundherren zusammen. Am Wachtberg sammelten sich 5.000 Bauern, die die Stadt Steyr belagerten.